Małopolska kolekcja sztuki XXI wieku obejmuje obrazy, obiekty przestrzenne, rzeźby, fotografie, rysunki oraz prace wideo takich autorów jak Wilhelm Sasnal, Jadwiga Sawicka, Paweł Althamer, Rafał Bujnowski, Marek Chlanda, Zbigniew Libera, Marcin Maciejowski, Jarosław Modzelewski, Łukasz Skąpski, Monika Sosnowska czy Grzegorz Sztwiertnia. Jednym z zadań, jakie postawiła sobie kapituła fundacji jest przedstawienie nowej polskiej sztuki w kontekście środkowoeuropejskim, tak więc w kolekcji znalazły się także prace artystów z innych krajów naszego regionu m.in. Davida Maljkovica, Denisa Lehocka, Krištofa Kintery. Kolejna prezentacja nie jest powtórzeniem poprzednich wystaw; każda z nich ma osobny charakter i pokazuje nowe aspekty rozwijającego się zbioru. Kolekcja przedstawia mieszankę odniesień i różnych postaw wobec tradycji oraz pytań o nowoczesność istniejącą w polskiej sztuce najnowszej.

Kolekcja Małopolskiej Fundacji Sztuki Współczesnej powstała w 2004 roku w odpowiedzi na ministerialny program kulturalny „Znaki czasu". Jej celem było nadrobienie zaległości w gromadzeniu dzieł sztuki współczesnej, jak również jej promowanie, rozpowszechnianie, a także szeroko pojęta edukacja. Od 2005 roku zbiór sztuki współczesnej rósł konsekwentnie według założeń przyjętych u początków jej tworzenia. Zbiory są regularnie pokazywane w różnych miejscach Polski, a także za granicą. Wciąż otwarta kolekcja, urosła już do znaczących rozmiarów (ponad 400 dzieł blisko 50 autorów).